El CESCJ se identifica como centro católico.
Como institución educativa de la iglesia, el CESCJ prioriza todas las actividades pedagógicas que busquen que los alumnos y demás miembros de la comunidad educativa experimenten una fe personal y comunitaria viva, formada y comprometida.
El CESCJ pone particular cuidado en fomentar el conocimiento vivencial, el respeto, el amor a los valores propios de la historia y de la cultura paraguaya, y en cultivar el sano patriotismo.
El CESCJ fomentará la cultura democrática, la educación familiar, ambiental y el compromiso con la defensa y promoción de los derechos humanos. Por otra parte, procurará vivir los valores de la solidaridad y el trabajo, el respeto a los demás y el servicio a los demás.
El CESCJ se preocupará en propiciar conocimientos académicos, experimentales, serios y críticos de la realidad nacional.
Otros valores que el CESCJ buscará internalizar en los alumnos son la perseverancia, la lealtad, la solidaridad, la disciplina, la responsabilidad, la participación, la comunicación, el espíritu crítico, la sencillez y la humildad.